Tras la selección de muerte en Auschwitz y otros campos, la mayoría de los niños eran mandados directamente a las cámaras de gas. Otros niños de los campos, especialmente mellizos, eran usados en experimentos médicos de los nazis. También hubo fusilamientos de niños por las SS y fuerzas policiales en Polonia y la Unión Soviética.
Los líderes del Consejo Judío (Judenrat) fueron forzados a tomar la decisión, difícil y controvertida, de llenar las cuotas para la deportación de niños. Janusz Korczak, director de un orfanato en el ghetto de Varsovia, se negó a abandonar los niños elegidos para la deportación, y los acompañó en el transporte a Treblinka.
A pesar de la aplastante persecución sufrida en manos de los nazis, muchos niños descubrieron formas de sobrevivir. Muchos niños contrabandeaban comida al ghetto. Algunos participaron en movimientos juveniles activos en la resistencia. Muchos escaparon a campos de partisanos.